עד אמצע המאה השמונה עשרה לא הייתה נוכחות של יהודים בעיר משהד שבצפון איראן. היהודים נחשבו לטמאים בעיר המוסלמית-שיעית הקיצונית.

מי ששינה את המצב היה המלך נאדר שאה שבשנת 1747 התיר ליהודים להגיע למשהד ולעזור לו בניהול אוצרותיו. אך תקופה זו נקטעה עם מותו של נאדר שאה, והיהודים בעיר חיו בפחד מתמיד. שיאה של תקופה קשה זו התבטא בעלילת דם ב – 1839 נגד אנשי הקהילה, שלפיה השתמשו היהודים בדמם של מוסלמים שנשחטו כדי לאפות מצות לחג הפסח, ובעקבותיה נערך טבח ביהודים. הם נתבעו להמיר את דתם, וָלא – יומתו.

יהודי משהד קיבלו על עצמם להיות מוסלמים כלפי חוץ ונקראו ג'דיד אל אסלאם (המוסלמים החדשים), חלקם אף עלו לעיר המוסלמית הקדושה מכה ונקראו חאג' כדי להדגיש את "רצינות" כוונותיהם, אך במחתרת המשיכו לשמור על יהדותם, ללמוד לימודי קודש ולקיים את המצוות כהלכתן: שחיטה כשרה, בריתות, בר מצווה, חתונות, קבורה וכו', ולמעשה חיו בזהות כפולה (ואף נשאו שני שמות – שם מוסלמי ושם יהודי)  במשך למעלה ממאה שנים. על מנת לשמור על שלמות הקהילה הם נהגו לארס את הבנות בגיל צעיר ביותר (לעיתים פחות מגיל עשר) כדי למנוע מגברים מוסלמים לשאתן לנשים. תקופה זו נקראת תקופת האניסות , ויהודי הקהילה כונו – אנוסי משהד.

החל מראשית המאה העשרים עזבו יהודים את העיר משהד והתרכזו בארצות שונות בעולם : בישראל, בארצות הברית, באיטליה, בגרמניה ובאנגליה.

כיום מונה הקהלה כשנים עשר אלף איש.